Успехи русско-австрийских войск в Северной Италии заставили французов отвести свои войска из Апулии, а затем, оставив небольшие гарнизоны в Неаполе, Капуе и Гаэте, направить основную часть войск на север. Тем временем армия Руффо, овладев Базиликатой, вступила в Апулию и в мае захватила города, еще находившиеся в руках республиканцев. Посланные адмиралом Ушаковым с захваченного им у французов о. Корфу несколько русских военных кораблей под командованием капитана II ранга Сорокина действовали совместно с турецким флотом у побережья Апулии, подавляя очаги республиканского сопротивления. После захвата Апулии санфедистская армия (к которой в начале июня присоединился отряд русских военных моряков в составе около 500 человек во главе с капитан-лейтенантом Белли) медленно двинулась к Неаполю.
Среди низов столицы к тому времени возобладали антифранцузские и антиреспубликанские настроения. Из-за крестьянских восстаний Неаполь плохо снабжался, резко подскочили цены на продукты первой необходимости, в городе было много безработных. Учащались случаи убийства французов, вызывавшиеся наглыми выходками французских солдат и офицеров. Начались расстрелы горожан. Чтобы выплатить огромную контрибуцию французам, пришлось ввести новый налог, затронувший всех имущих и вызвавших широкое недовольство. «Свобода и равенство, а деньги во Францию отправятся»,— распевали на городских улицах неаполитанские простолюдины. Некоторые неосторожные шаги республиканцев задевали религиозные чувства низов. В то же время правительство долго не принимало никаких мер, чтобы облегчить положение городского плебса. «Столько прекрасных обещаний счастья и свободы, а между тем мы более несчастны и в большей степени рабы, чем раньше»,— с горечью писал современник. Неудивительно поэтому, что героическое сопротивление республиканцев санфедистской армии Руффо, которая 13 июня ринулась на штурм столицы, не было поддержано городскими низами, восставшими против них с оружием в руках. После отчаянной борьбы республиканцы вынуждены были сдать город.