На соборе Иннокентий обрисовал положение, создавшееся после отказа принять требования румынского народа, и просил участников одобрить продолжение им хлопот в этом направлении в Вене, куда его как раз пригласили. По дошедшим до нас известиям, собор обусловил свое согласие на унию выполнением национальных требований. Этот факт вызвал резкую реакцию императорского двора, который под влиянием привилегированных наций начал расследование деятельности епископа и стал оказывать на него давление. В Вене Иннокентий Мику разработал новую петицию, в которой требовал применения на практике третьего пункта второй униатской грамоты, подчеркивая, что это является стремлением духовенства и народа. Он добивался более широкого представительства духовенства в законодательном собрании и места советника в губернии. Противодействие императорской бюрократии заставило его в конце 1744 г. уехать в Рим.
Римское изгнание стало последним этапом его политической деятельности. Он попытался привлечь к румынскому вопросу внимание папского престола и заручиться его поддержкой. Уже в первый год пребывания в Риме Иннокентий обновляет церковные и национальные постулаты, стремясь достичь равенства прав духовенства и находящегося под его юрисдикцией народа с правами остальных «наций». В петициях, направленных папе Бенедикту XIV в период, когда в Трансильвании проявились антикатолические настроения, Мику связывает судьбу унии с выполнением политических требований.

Религиозные движения в Трансильвании и восстановление православия. В середине века, в период наибольшей политической активности епископа Иннокентия Мику, началось антикатолическое движение с целью восстановлейия православия. Вызванное приездом в страну сербского монаха Виссариона Сарая, это движение распространилось из Баната на юг Трансильвании, привлекая массы крестьян, отказывавшихся от унии. Движение развивалось на фоне кризиса греко-католической епархии, ослабленной неудачей попытки восстановить свои права и укрепить греко-католическую церковь. На соборе, созванном в городе Бла-же (1744) с участием крестьян независимо от их вероисповедания, был поставлен вопрос о целесообразности унии.