Однако 17 июня венецианцам неожиданным нападением удалось освободить Падую. Одновременно начались крестьянские восстания против немцев и французов в долине Адидже и во Фриуле. Макиавелли, который в это время в качестве посла Флоренции находился при дворе императора, писал из Вероны: «Дворяне не любят Венецию, но народ, городские низы и крестьяне необыкновенно преданны ей, их нельзя убедить, даже под страхом смерти, отказаться от имени венецианца; невозможно, чтобы государи удержали бы области с такими крестьянами».
Но пока сила все же оставалась на стороне Лиги. В августе императору вновь удалось захватить ряд мелких городов, а в середине августа его войска разбили лагерь в 5 км от Венеции. Но раньше, чем угрожать столице, союзники должны были взять Падую, чтобы обеспечить свой тыл. Осада Падуи началась 3 сентября, 17 дней длился почти бепрерывный обстрел немецкой артиллерией, четырежды город подвергался штурму, но все попытки благодаря мужеству населения, составлявшего основной контингент защитников Падуи, окончились неудачей. Ночью 1 ноября император, в войсках которого вспыхнула эпидемия, приказал отступить в Виченцу. Падуя, а с ней и Венеция были спасены.
Героическая защита Падуи дала Венецианской республике возможность оправиться, собрать новые силы, а главное — пустить в ход искусство дипломатии и разрушить единство грозной коалиции. С Испанией и папой удалось достичь соглашения: в пользу Испании Венеция отказывалась от всяких территориальных претензий на юге, папе же возвращались все ранее захваченные города Рома-ньи. Юлия II вполне удовлетворяло ослабление Венеции. Но для полного восстановления и укрепления Папского государства необходимо было избавиться от присутствия иноземцев на полуострове, и в первую очередь от французов в Северной Италии.
Первой союзницей папы стала Венеция, часть владений которой находилась в руках Людовика XII и императора. Некоторые города она смогла вернуть, но даже объединенных сил папы и Республики не хватило, чтобы серьезно поколебать положение Людовика XII в Ломбардии.