Одержав победу во второй войне, карфагеняне сумели удержать Мальту, но в 218 году до н. э. острова все же перешли к римлянам.
Мальтийцам вновь повезло с завоевателями – ведь римляне, как и финикийцы, видели в побежденном народе союзников. Свободные от рабства островитяне разговаривали на своем языке, следовали прежним традициям и поклонялись старым богам. После отплытия легионеров архипелаг находился под контролем приезжавших изредка патрициев, а затем обрел собственное правительство. Местные власти разделили и без того крошечное государство на две автономные муниципии, соответствующие крупным островам: большой, то есть сегодняшнюю Мальту, римляне назвали Мелит, а малый, или современный Гоцо, получил название Гаулос. Несмотря на сходство со словом «малет» латинское слово «melit» не имеет с ним ничего общего. Новое наименование острова связано с основным занятием местных крестьян, весьма преуспевавших в производстве меда (от лат. mel).
В римскую пору восстановились и навсегда закрепились связи мальтийцев с жителями Сицилии. Летописей этого периода не сохранилось, но некоторые античные авторы упоминают о наиболее значимых событиях, к которым относилась активная миграция в подвластных Риму областях. Люди большими группами переезжали с Мальты на Сицилию и наоборот, покидали остров вблизи Апеннин в надежде найти приют, работу и покровительство знатных особ на Мальте. Однако протест вызывал не обмен жителями, а дружеские, вернее, коммерческие отношения переселенцев, чем особенно был недоволен знаменитый римский оратор Марк Туллий Цицерон. В произнесенной им речи против Кая Верреса отмечены неблаговидные поступки претора Сицилии, который разорял подвластную ему провинцию в 73–71 годах до н. э. Используя власть, управляющий занимался контрабандой и вымогательством. В число многих обиженных Верресом торговцев входил его бывший соотечественник, а к тому времени эмигрант Диодорус Мелитенсис (Мальтийский).