После смерти первого настоятеля общину возглавил Раймонд де Пюи из дворянского рода Дофинеи. К тому времени орден представлял собой мощную военно-благотворительную организацию с жесткой дисциплиной и вполне определенной идеологией. При новом руководителе рыцари уступили большую часть монашеских забот служилой братии и священникам. Преемник Жерара первым принял титул магистра ордена и разработал устав, в котором четко разграничивались функции духовников, мирян и несколько позже – оруженосцев. Главной обязанностью рыцарей стала не служба в госпитале, а военное дело как занятие, более достойное дворянина.
В 1130 году папа Иннокентий II утвердил знамя ордена, имевшее вид красного полотнища с белым восьмиконечным крестом посередине. Через 4 года специальной буллой госпитальеры получили такую важную привилегию, как освобождение от власти Иерусалимского короля и переход в подчинение римскому папе.
Соответственно новым правилам изменилось форменное платье. Оставив сутану священникам, рыцари облачились в рясу (супервест) малинового цвета и черный плащ. Оба платья украшались белым полотняным крестом, нашитым с левой стороны груди, у сердца.
Впоследствии военная одежда шилась из бархата и дополнялась шелковыми крестами; в перерывах между боями братья носили простые рясы, такие же черные, как и военные плащи. В пору правления магистра Раймонда де Пюи былой аскетизм уступил место светскому образу жизни. Крестоносцы оседали в крупных восточных городах, перенимая полный роскоши и неги образ жизни, характерный для арабской знати. По примеру свободных воинов, орденские рыцари отказались от грубой шерсти ради дорогих тонких тканей, жили в отдельных квартирах, мылись в банях, пили изысканные вина, сытно ели, не допуская, впрочем, небрежности в отношении к больным.