Капитул выделял на «содержание Его Высочества, для кормления и поддержания достоинства» уже не одно, а несколько командорств. Кроме того, в целях увеличения дохода владыки из братства уходила значительная доля налогов и таможенных сборов.
К концу XVIII века в ордене ослабла дисциплина, исчез боевой дух и кавалеры уже не могли сопротивляться врагу так же яростно, как в былые времена. Когда в феврале 1798 года к берегам Мальты причалили корабли Наполеона, некоторые из них отказались стрелять в соотечественников и, более того, посчитали за честь принять их у себя. Впрочем, может быть именно им Валлетта обязана сохранностью: избежав осады, прекрасная столица Мальты на протяжении 400 лет радует мир своей уникальной красотой.
Увидев в Большой гавани французские корабли, глава ордена, немецкий барон Фердинанд Гомпеш, фактически сдал острова, правда под нажимом со стороны капитула. По свидетельству очевидцев, он потерял волю к сопротивлению, хотя решительный полководец и организатор мог бы доставить врагу немало неприятностей. «Имея сильные укрепления, Мальта не имеет моральной стойкости», – сказал Наполеон, входя в широко распахнутые ворота столицы. Впрочем, по его мнению, рыцари «не сделали ничего постыдного; ведь никто не обязан добиваться невозможного». Всего 16 рыцарей оказались верными клятве и взяли в руки оружие, несмотря на явную безнадежность обороны. Пока большинство братьев отсиживалось в обержах, они сражались на стенах Валлетты, отбивая атаки из пушек и даже пытаясь остановить наступление французов в открытом бою. Отряд под командованием шевалье Томмази удерживал позицию в течение нескольких часов. Парализованный бальи де Тинье, лежа на носилках, наблюдал за происходящим с крепостной стены, считая, что офицер во время войны должен находиться на поле боя.
В ходе слабого сопротивления мальтийцы потеряли нескольких человек в сражениях с врагом и разъяренной толпой горожан, которые, не желая воевать, растерзали 4 рыцарей.