Заключая договор по старине, Иоанн возвратил Новгороду его заволоцкие владения, но при этом был сделан строгий перебор, и новгородцы должны были отдать все волости великокняжеские и ростовских князей, захваченные ими прежде и в последнюю войну. Таким образом, многие волости разделились пополам между Москвою и Новгородом, например Емец, Матигоры, Кур-остров, Чухчелема, Ухть-остров, Лисичь-остров; другие, которые прежде мы видели за Новгородом, отошли все к Москве без раздела, например Колмогоры, Ненокса, Уна и проч. Вся земля Новгородская, говорит летописец, до самого моря была пожжена и попленена, потому что опустошали ее не одни те войска, которые были с великим князем или его братьями, но изо всех земель московских ходили толпы за добычею в новгородские волости. Беды не прекратились и по отходе великокняжеских войск: жители Русы, бежавшие в Новгород во время войны, теперь отправились домой по Ильменю; но поднялась страшная буря и потопила их: погибло 90 учанов и 60 малых судов, в одном месте нашли 120 трупов. И не тут только природа объявила себя против Новгорода, за Москву; опасения, что трудно будет идти под Новгород летом по причине многих вод и болот, на этот раз не оправдались; как нарочно, лето было знойное, от мая до сентября не упало ни капли дождя; не было нигде преграды московским ратникам, которые гнали скот по болотам и местам, прежде непроходимым.
1 сентября возвратился Иоанн в Москву: того же 1471 года в декабре приехал туда нареченный владыка новгородский Феофил и был посвящен; Феофил просил свободы новгородским пленникам, и великий князь исполнил его просьбу; отправил и наместников своих в Новгород по-прежнему. Казалось, что все уладилось, но так могло казаться только: долговременное отсутствие великих князей, долговременная невозможность для них заниматься внутренними делами Новгорода ослабили, привели в забвение, но не уничтожили прав их здесь; теперь же великий князь московский получил возможность дать силу этим правам.