17 февраля тронулся Иоанн из стана, 5 марта приехал в Москву; за ним привезли из Новгорода вечевой колокол и подняли на колокольню на площади кремлевской звонить вместе с другими колоколами.
Но не вдруг мог забыть Новгород свой прежний быт, и противная Москве сторона ждала только первого удобного случая, чтоб снова подняться. Этот удобный случай не замедлил представиться, когда в 1477 году хан Золотой Орды в союзе с Казимиром литовским начал грозить Москве нашествием и когда братья великого князя хотели также воспользоваться этим случаем для возвращения себе старых удельных прав. Иоанну дали тайно знать, что многие новгородцы пересылаются с Казимиром, зовут его к себе, пересылаются и с немцами, король обещал явиться с полками и послал, с одной стороны, к хану Золотой Орды звать его на Москву, а с другой - к папе с просьбою о денежном вспоможении для успеха в деле, которое неминуемо повлечет за собою присоединение важной области к римской церкви. Папа назначил на военные издержки сбор со всех церквей польских и литовских. Иоанн хотел предупредить Казимира и застать врасплох новгородцев: взяв с собою только тысячу человек, он отправился 26 октября к Новгороду миром, а между тем под предлогом войны с немцами велел сыну набирать войска и спешить за собою следом; заставы были расставлены повсюду, дабы в Новгороде не узнали о наборе и приближении многочисленной рати. Несмотря на то, в Бронницах он получил весть, что новгородцы затворились и не намерены пускать его миром. Тогда Иоанн дождался полков своих и приступил к городу, в котором по-прежнему имел многочисленных приверженцев: они не хотели биться и перебегали к москвичам; архиепископ послал за опасною грамотою, но Иоанн отвечал: «Я сам опас для невинных и государь ваш; отворите ворота: когда войду в город, невинных ничем не оскорблю». А между тем разрушительная стрельба из пушек не прекращалась.