Наконец ворота отворились, и владыка, посадник, тысяцкий (ибо новгородцы поспешили восстановить свои древние формы правления), старосты пяти концов, бояре и народ вышли навстречу к великому князю, пали ниц и просили прощения. Иоанн благословился у архиепископа и сказал во всеуслышание: «Я, государь ваш, даю мир всем невинным, не бойтесь ничего!» - и отправился по обычаю к св. Софии, а потом в дом Ефима Медведева, нового посадника, где и остановился. В тот же день 50 человек главных врагов Москвы были захвачены и пытаны. Тут только великий князь узнал об участии владыки в заговоре и о сношениях братьев своих с новгородцами. Феофил был взят и отослан в московский Чудов монастырь под стражу, богатство его отобрано в казну; 100 главных заговорщиков подверглись смертной казни. 100 семей детей боярских и купцов разосланы по низовым городам. Но и этим дело не кончилось: в 1481 году схвачены были четверо новгородских бояр; вражда сторон продолжалась, и следствием было то, что в 1484 году сами же новгородцы прислали донос в Москву, что некоторые из их сограждан пересылались с королем; по этому доносу человек тридцать больших и житых людей было схвачено, дома их разграблены, сами подвергнуты пытке; когда их приговорили к смертной казни, то перед виселицею стали они прощаться друг с другом и каяться, что напрасно клепали друг друга на пытке. Услыхав об этом, великий князь не велел их вешать, но велел сковать и посадить в тюрьму, а жен и детей их послать в заточение. В то же время была схвачена и разграблена Настасья, славная и богатая, по выражению летописца, взят и пограблен был также Иван Кузьмин, который во время новгородского взятия с тридцатью слугами убежал в Литву, но король не оказал ему никакой милости, слуги отстали от него, и он сам-третей прибежал назад, в Новгород, где и был схвачен. В том же 1484 году принужден был по болезни оставить архиепископию владыка Сергий, посвященный в Новгород на место Феофила из старцев Троицкого Сергиева монастыря.