Московские летописцы говорят, что новгородцы не хотели покориться Сергию, ибо он не по их мысли ходил; не могши ничего сделать над ним явно, они волшебством отняли у него ум, говоря, что Иоанн-чудотворец наказал его. Новгородские же и псковские летописцы рассказывают, будто бы Сергий стал притеснять игумнов и священников, ввел новые пошлины, будто бы, заехав на дороге в Сковородский Михайловский монастырь, от гордости, потому что приехал из Москвы к гражданам плененным, не захотел вскрыть гроб похороненного тут новгородского владыки Моисея и будто бы с этих пор нашло на него изумление: иногда видали, как он сидел на Евфимьевской паперти в одной ряске без мантии, а иногда видали его в полдень сидящим в том же виде у св. Софии. По другому рассказу, новгородские владыки начали являться Сергию то во сне, то наяву с укором, как он смел принять святительское поставление при жизни своего предшественника, не уличенного в ереси, но изгнанного неправдою; когда же он презрел этими укорами, то невидимая сила поразила его и на некоторое время лишила употребления языка. В 1487 году переведено из Новгорода во Владимир 50 семей лучших купцов. Тогда же выехала из Новгорода и московская ратная сила, стоявшая здесь 17 недель. В 1488 году привели из Новгорода в Москву больше семи тысяч житых людей за то, что хотели убить наместника великокняжеского Якова Захарьича; некоторых Яков казнил еще в Новгороде, других казнили в Москве, остальных отправили на житье в Нижний, Владимир, Муром, Переяславль, Юрьев, Ростов, Кострому и другие города; на их место посланы в Новгород из Москвы и других городов низовых дети боярские и купцы.
В одно время с окончательным прекращением новгородских смут через вывод лучших граждан окончательно усмирена и древняя колония новгородская - Вятка, и тем же самым средством. Еще в 1466 году вятчане ратью прошли мимо Устюга на Кокшенгу, утаившись от городских сторожей; шли по Сухоне-реке вверх, воевали Кокшенгу, а назад шли Вагою вниз.