В последний год жизни Иоанновой разобрали старый собор Архангельский и заложили новый, неизвестно, по плану какого архитектора. Мастера, выписанные было из Пскова для строения Успенского собора, не остались без дела и после приезда Аристотелева; они построили Троицкий собор в Сергиеве монастыре, соборные церкви в монастырях московских - Златоустовом и Сретенском, Благовещенский собор на дворе великокняжеском, церковь Ризположения на митрополичьем. В 1496 году поставлена была церковь Успения в Кириллове Белозерском монастыре, ставили пять месяцев, издержали 250 рублей; каменщиков и стенщиков было 20 мастеров, из них старший - Прохор Ростовский.
Через семь лет после построения Успенского собора, в 1487 году, великий князь велел венецианскому архитектору Марку заложить большую палату на своем дворе, где стоял терем; в 1491 году она была готова - это была так называемая Грановитая палата, которая назначалась для торжественных приемов и собраний, а жил великий князь в старом деревянном дворце. Только в следующем, 1492 году он велел разобрать этот деревянный дворец и поставить каменный за Архангельским собором, а сам во время его постройки жил в доме князя Патрикеева; но в следующем же, 1493 году этот новый дворец сгорел, так что великий князь принужден был на некоторое время перебраться в домы простых людей к Яузе, к церкви Николы в Подкопаевом; наконец, в 1499 году он велел заложить дворец каменный, а под ним погреба и ледники на старом своем дворе у Благовещения и вести стену каменную от двора своего до Боровицкой стрельницы; строителем был мастер Алевиз из Медиолана. Митрополит Геронтий в 1473 году поставил у двора своего ворота из обожженного кирпича, а в 1477 году - палату кирпичную на четырех подклетях каменных; в 1493 году митрополит Зосима поставил три кельи каменные с подклетями. В 1471 году купец Таракан заложил себе кирпичные палаты у Фроловских ворот; в 1485 году трое вельмож построили себе кирпичные палаты. Церкви и палаты строили художники иностранные; церковная живопись оставалась в руках русских мастеров; в 1482 году ростовский владыка Вассиан дал сто рублей мастерам-иконникам - Дионисию, попу Тимофею, Ярцу и Коню, которые написали Деисус в новую церковь Богородицы, и написали чудно вельми с праздниками; тот же Дионисий написал икону Одигитрии в Вознесенский монастырь; упоминается также иконник Далмат.