Дьяки пропели многолетие великому князю. В 1478 году великий князь вступился в спор, начавшийся между митрополитом Геронтием и ростовским архиепископом Вассианом по поводу Кириллова Белозерского монастыря. Монахи этого монастыря, не желая быть под управлением ростовских архиепископов, просили своего удельного князя, Михаила Андреевича Верейского, взять их под свое ведение; князь обратился с просьбою к митрополиту, и тот дал грамоту, по которой монастырь поступал в ведение князя Михаила, а ростовский архиепископ лишался над ним всякой власти. Вассиан обратился сначала к митрополиту с просьбою, чтоб не вступался в его предел; когда же Геронтий его не послушал, то он обратился к великому князю, прося суда с митрополитом по правилам. Иоанн принял сторону архиепископа, но митрополит не послушал и его. Тогда великий князь послал взять у князя Михаила митрополичью грамоту и велел съезжаться в Москву на собор всем епископам и архимандритам. Митрополит испугался соборного суда и упросил Иоанна потушить дело: великий князь помирил его с Вассианом, грамоту изодрали, и Кириллов монастырь перешел по-прежнему в ведение ростовского архиепископа. Иначе кончился спор, возникший у великого князя с тем же митрополитом Геронтием по поводу чисто церковного дела. Нашлись люди, которые наговорили Иоанну, что митрополит во время освящения Успенского собора поступил не по правилам, ходил с крестами около церкви не по солнечному восходу. Великий князь рассердился, начал говорить, что за это бог пошлет гнев свой; начались толки, розыски; в книгах не нашли, как ходить во время освящения церкви, по солнцу или против солнца; но речей было много: одни говорили за митрополита, а другой говорил: «Я сам видел, как на Святой горе освящали церковь; там с крестами против солнца ходили», - и был спор большой, которого не решили ростовский владыка Вассиан и чудовский архимандрит Геннадий, призванные великим князем. Митрополит в доказательство своего мнения приводил, что когда диакон кадит престол в алтаре, то на правую руку ходит с кадилом, а они говорили: «Солнце праведное Христос на ад наступил, смерть связал и души освободил, для этого на Пасху исходят против солнца». Нашествие Ахмата и смерть Вассиана Ростовского прекратили на время спор; но когда все успокоилось, он опять возобновился; митрополит, негодуя, что великий князь все держится мнения его противников, выехал из Кремля в Симонов монастырь, оставив посох свой в Успенском соборе и взявши с собою только ризницу; он говорил, что если великий князь не приедет к нему, не добьет челом и спора не прекратит, то он окончательно оставит митрополию и будет жить в келье, как простой монах.