Великий князь, лишившись надежды видеть Паисия на митрополии, согласился на вступление Геронтия опять в должность; а в следующем, 1485 году Геннадий Чудовской посвящен был в архиепископы Новгороду Великому.
Здесь Геннадий нашел явление, которое грозило русской церкви большею опасностию. В половине XV века, а может быть и ранее, в Киеве явилась ересь, как видно, смесь иудейства с христианским рационализмом, отвергавшая таинство св. троицы, божество Иисуса Христа, необходимость воплощения, почитание угодников божиих, икон, монашество и т. д. Глава или член общества киевских еретиков, жид Схария, приехал из Киева в Новгород вместе с князем Михаилом Олельковичем. Неизвестно, зачем, собственно, приехал он в Новгород, для распространения ли ереси или по делам торговым, неизвестно, долго ли оставался; известно только то, что он с помощию пятерых сообщников, также жидов, насадил в Новгороде свою ересь. Первыми учениками Схарии здесь были два священника, Дионисий и Алексей; как во время стригольничества, наружное благочестие первых еретиков обратило на них внимание народа и содействовало быстрому распространению ереси; еретики старались получить священнические места, чтобы успешнее действовать на своих духовных детей: если видели человека твердого в православии, перед таким и сами являлись православными; перед человеком, обличающим ересь, они и сами являлись строгими ее обличителями, проклинали еретиков; но где видели человека слабого в вере, тут были готовы на ловлю. Еретики отличались ученостию, имели книги, каких не было у православного духовенства, которое потому и не могло бороться с еретиками; Геннадий писал к ростовскому архиепископу Иоасафу: «Есть ли у вас в Кириллове монастыре, или в Ферапонтове, или на Каменном книги: Сильвестр, папа римский, Слово Козьмы пресвитера на ересь богомилов, Послание Фотия патриарха к болгарскому царю Борису, Пророчества, Бытия, Царств, Притчи, Менандр, Иисус Сирахов, Логика, Дионисий Ареопагит, потому что эти книги у еретиков все есть».