Такого-то неутомимого борца вызвал Геннадий на помощь против ереси, и такой помощник был необходим, потому что ересь усиливалась все более и более. Митрополит Геронтий умер в 1489 году, и при избрании ему преемника сторона еретиков получила верх; митрополитом назначен был тайный соумышленник их, симоновский архимандрит Зосима; Геннадия Новгородского отвели от присутствия при избрании митрополита, и Зосима немедленно же оказал нерасположение свое к новгородскому владыке, потребовав от него нового архиерейского исповедания. Оскорбленный Геннадий отвечал ему любопытным письмом, в котором жаловался, что его постоянно отводят от присутствия на соборах московских: «Когда архиепископ ростовский Иоасаф оставил владычество, то вместо того, чтоб за нами за всеми послать и собором обыск сделать, обо мне и не упомянули; а гонцы ежедневно ездят с пустыми делами из Москвы в Новгород в три дни. Хотелось мне очень быть на твоем поставлении; но вот пришел наказ от государя великого князя о его великих делах, велел мне об них хлопотать, а в Москву не велел ехать. Велишь мне писать исповедание; но я уже положил раз исповедание пред отцом моим, Геронтием митрополитом, и пред всем собором; это исповедание у вас в казне; а как я исповедался пред богом, так и стою неподвижно: в Литву грамот не посылаю, оттуда мне также не присылают грамот, и литовские ставленники не служат в моей архиепископии. Если же литовские окаянные дела прозябли в Русской земле, в Великом Новгороде, когда был в нем князь Михайла Олелькович и с ним жидовин еретик, и от этого жидовина распространилась ересь в Новгородской земле, сперва держали ее тайно, а потом спьяну начали проговариваться, то я тотчас же об этом дал знать великому князю и митрополиту Геронтию». Описавши свои действия против еретиков и послабление, которое встретили они в Москве, Геннадий требует от митрополита, чтоб он вместе с собором предал еретиков проклятию, после чего продолжает: «Стала беда с тех пор, как приехал Курицын из Венгрии и еретики из Новгорода перебежали в Москву: Курицын у еретиков главный заступник, а о государевой чести попечения не имеет.