Некоторые города сдавались без сопротивления; воеводы строили в них православные церкви, приводили жителей - латышей и немцев - к присяге московскому царю. С большим трудом взят был Нейгауз; магистр Фюрстенберг не помог ему: он не смел вступить в битву с русскими войсками, имея не с большим только 8000 ратных людей. По взятии Нейгауза он едва ушел от русских к Валку; здесь по старости он сложил с себя достоинство магистра, и на его место был выбран феллинский командор Готгард Кетлер. Но и молодой магистр так же мало был способен помочь Ордену, как и старый: нравственные силы народонаселения были истощены. Тщетно раздавался благородный голос дерптского бургомистра Тиле, который говорил, что нечего ждать помощи извне, что надобно пожертвовать всем богатством для спасения родной страны, встать всем, как один человек, и соединенными силами дать отпор врагу, а не дожидаться каждому месту своей очереди. Никто не слушал его, никто не хотел жертвовать своим добром добру общему, и те, которые прежде кричали, что скорее пожертвуют 100 рейхсталеров на войну с Москвою, чем один талер для дани царю, на покупку мира, те теперь, когда беда пришла, не хотели жертвовать ничем ни для мира, ни для войны.
В июле русское войско под начальством князя Петра Ивановича Шуйского обложило Дерпт, где затворился епископ Герман Вейланд с гражданами и двумя тысячами наемных заморских немцев; большая часть дворян, узнав о приближении неприятеля, ночью покинула город. Осажденные сначала защищались мужественно, отстреливались, делали частые вылазки, как следует рыцарским мужам, по выражению Курбского, но осаждающие придвигались все ближе и ближе, от стрельбы их рушились стены, гибло много людей, остальные были измучены трудами при защите города; послали к магистру с просьбою о помощи; посланный возвратился с ответом, что магистр порицает поступок дворянства, хвалит мужество епископа и граждан, желает, чтоб они защитили город, но сам не в состоянии противиться такому сильному неприятелю и употребляет все старания, чтоб увеличить свое войско; а московский воевода объявил милость царскую, если осажденные сдадутся; в противном случае грозил, что не оставит в живых и малого ребенка.