Шуйский скрепил их в надежде, что они будут утверждены и государем. Уполномоченные просили воеводу, чтоб русское войско не вторгалось в домы граждан, не пугало их жен и детей. Это было обещано, и обещание строго исполнено. Епископ, ратные люди и те горожане, которые хотели выехать с семействами из города, выехали под прикрытием русских отрядов, чтоб с ними не случилось ни малейшей неприятности. По вступлении своем в город Шуйский повестил, чтоб ратные люди не смели обижать жителей под страхом жестокого наказания, а жители чтоб не смели продавать ратным людям крепких напитков. По свидетельству современника и очевидца, немца, порядок был сохранен, нарушители его действительно подверглись строгим наказаниям; боярские дети ежедневно объезжали город, забирали всех пьяных и дурно ведших себя людей; жители не терпели никакого насилия и утешали себя этим в несчастии; Шуйский объявил, что его дом и уши будут отворены для каждого, кто придет с жалобою на русских ратных людей. Совет и община послали ему в подарок вина, пива и разных съестных припасов, а Шуйский чрез несколько дней угостил членов совета и лучших людей хорошим обедом в замке. 6 сентября царь дал жителям Дерпта жалованную грамоту, в которой некоторые из условий были дополнены, некоторые изменены: например, в городском суде должен был заседать и русский чиновник (Drost) для охранения русских людей; апелляции к рижскому городовому суду не были позволены; вместо них поставлена была апелляция к дерптскому воеводе; дела же, которых и воевода решить не мог, отсылались к царю; на монете должен быть с одной стороны герб царский, на другой - городовой; на городовой печати должен быть царский герб. В случае нужды ратные люди могут стоять в домах черных людей. Дерптские жители могут торговать беспошлинно в Новгороде, Пскове, Ивангороде и Нарве, но если поедут с торгом в Казань, Астрахань или другие области московские, то должны платить пошлины наравне с русскими купцами; свободно могут они отъезжать за море и торговать всякими товарами; если не захотят жить в Дерпте, могут свободно выехать за границу со всем имуществом, заплатив с него десятую деньгу в царскую казну.