Иоанн умилился, велел снять с него тяжелые оковы и перевести в тюрьму более сносную, но в тот же день велел удавить брата его Никиту. Но известие, особенно о смерти Никиты Шереметева, сомнительно; что же касается до Ивана Шереметева, то известно, что, давши запись, он долго оставался на прежнем месте и потом постригся в Кириллово-Белозерском монастыре; мы видели его советником Шуйских, деятельным участником в свержении князя Ивана Бельского.
Вельможам, находившимся в Москве, трудно было отъехать; легче было сделать это воеводам, находившимся на границах, в Ливонии; этим удобством воспользовался один из самых знаменитых воевод, князь Андрей Михайлович Курбский, и отъехал в Литву, к королю Сигизмунду-Августу, который принял его с честию. Курбский был в числе самых близких советников Сильвестра и Адашева, но, как видно из его собственных показаний, до конца 1559 года пользовался особенным расположением Иоанна; отправляя его в это время вторично в Ливонию, царь говорил ему: «Я принужден или сам идти против ливонцев, или тебя, любимого моего, послать: иди и послужи мне верно». Но эти отношения Курбского к царю должны были скоро перемениться вследствие удаления Сильвестра и Адашева, потом опал и казней родственников и друзей их. По некоторым известиям, неудачная битва Курбского с литовцами под Невелем заставила его опасаться гнева Иоаннова и отъехать. Курбский в письме к Иоанну так говорит о причинах отъезда: «Какого зла и гонения от тебя не претерпел я! Каких бед и напастей на меня не воздвиг ты? Каких презлых лжесплетеней не взвел ты на меня! Приключившихся мне от тебя различных бед нельзя рассказать по порядку за множеством их. Не упросил я тебя умиленными словами, не умолил я тебя многослезным рыданием, не исходатайствовал от тебя никакой милости архиерейскими чинами». Иоанн отвечает ему: «Зачем ты за тело продал душу? Побоялся смерти по ложному слову своих друзей? От этих бесовских слухов наполнился ты на меня яростию!