Понятно, к каким чувствам такие мысли должны были повести человека страстного, восприимчивого, напуганного. Мысль: «Врагов много, я не в безопасности, нужно принять меры для спасения себя и своего семейства, в случае неудачи нужно приготовить убежище на чужбине»,- эта мысль стала теперь господствующею в голове Иоанна.
Он стал готовиться к борьбе; прежде всего нужно было испытать силы противников, узнать, найдут ли они защиту в народе, или предаст их народ. 3 декабря 1564 года, в воскресенье царь со всем семейством своим выехал из Москвы в село Коломенское, где праздновал праздник Николая-чудотворца. Выезд этот был не похож на прежние, когда выезжал он на богомолье или на какие-нибудь потехи свои: теперь он взял с собою иконы и кресты, золотом и каменьями дорогими украшенные, сосуды золотые и серебряные, платье, деньги и всю свою казну; которым боярам, дворянам, ближним и приказным людям велел с собою ехать, тем велел взять с собою жен и детей; а дворянам и детям боярским, которых государь прибрал выбором изо всех городов, тем велел ехать с людьми, конями и со всем служебным порядком. Непогода и дурные дороги задержали его в Коломенском две недели. Как реки стали, он поехал в село Тайнинское, из Тайнинского - к Троице, от Троицы - в Александровскую слободу. В Москве митрополит Афанасий, новгородский архиепископ Пимен, ростовский - Никандр, бояре, окольничие и все приказные люди были в недоумении и унынии от такого государского великого, необычного подъема. Ровно через месяц, 3 генваря 1565 года, их недоумение разрешилось: царь прислал из слободы к митрополиту список, в котором исписаны были измены боярские, воеводские и всяких приказных людей, какие измены и убытки государству они делали до его совершеннолетия. Царь гнев свой положил на богомольцев своих - архиепископов, епископов и все духовенство, на бояр своих, на дворецкого и на конюшего, на окольничих, казначеев, дьяков, детей боярских и на всех приказных людей за то, что после отца его бояре и все приказные люди его государства людям много убытков делали и казны его государские расхитили, а прибытков казне его государской никакой не прибавляли.