Известно нам и состояние души Иоанна, образ его мыслей после рассказанных событий; к 1572 году относится единственное дошедшее до нас духовное завещание его. В этой духовной царь высказывает убеждение, что он и семейство его непрочны на московском престоле, что он изгнанник, ведущий борьбу с своими врагами, что этой борьбе не видать близкого конца, и потому Иоанн дает наставление сыновьям, как им жить до окончания борьбы. Завещание начинается исповедью Иоанна, в которой замечательны следующие слова: «Тело изнемогло, болезнует дух, струпы душевные и телесные умножились, и нет врача, который бы меня исцелил; ждал я, кто бы со мною поскорбел,- и нет никого, утешающих я не сыскал, воздали мне злом за добро, ненавистию за любовь». Наставление детям начинается словами Христа: «Се заповедаю вам, да любите друг друга... Сами живите в любви и военному делу сколько возможно навыкайте. Как людей держать и жаловать, и от них беречься, и во всем уметь их к себе присвоивать, вы бы и этому навыкли же: людей, которые вам прямо служат, жалуйте и любите, от всех берегите, чтоб им притеснения ни от кого не было, тогда они прямее служат; а которые лихи, и вы б на тех опалы клали не скоро, по рассуждению, не яростию. Всякому делу навыкайте, божественному, священному, иноческому, ратному, судейскому, московскому пребыванию и житейскому всякому обиходу, как которые чины ведутся здесь и в иных государствах, и здешнее государство с иными государствами что имеет, то бы вы сами знали. Также и во всяких обиходах, как кто живет, и как кому пригоже быть, и в какой мере кто держится - всему этому выучитесь; так вам люди и не будут указывать, вы станете людям указывать; а если сами чего не знаете, то вы не сами станете своими государствами владеть, а люди. А что по множеству беззаконий моих распростерся божий гнев, изгнан я от бояр, ради их самовольства, от своего достояния и скитаюсь по странам, и вам моими грехами многие беды нанесены: то бога ради не изнемогайте в скорбях...