В самостоятельное правление Иоанна видим дворян, которые называются большими и вместе с боярами присутствуют при важных делах, когда другие дворяне быть не могут; так, при описании приема литовского посланника Быковского читаем: «Царь велел дворянам из шатра повыступить, а оставил у себя бояр и дьяков избных и дворян больших, которым быть пригоже, и велел литовскому посланнику речь говорить». Потом встречаются дворяне, которые «живут у государя с боярами»; далее встречаем названия: «бояре ближней Думы» и «дворяне ближней Думы»; наконец является и название думных дворян; при описании приема литовских послов, приезжавших от Батория для подтверждения Запольского перемирия, читаем: «От государя сидели бояре в большой лавке и окольничие, и дворяне думные, и казначеи, и дворяне сверстные; а на окольничем месте сидел окольничий Степан Васильевич Годунов и дворяне большие, и князья Черкасские и Тюменские». Мы видели также дворян первой и второй статьи при описании собора 1566 года. Встречаем названия: боярин и дворецкий, боярин и оружейничий, кравчий, путный ключник, печатник, дьяк дворцовый, дьяк избный, дьяк введенный. Как возвысилось значение дьяка, можно видеть из того, что один из них, известный Ржевский, называется наместником черниговским. Встречаем название именитых людей: так, при описании новгородского разгрома летописец говорит: «Иные дети боярские в городе гостей и приказных людей государевых, именитых и торговых людей перехватали». Встречаем название именной человек вместо знатный.
Что касается до порядка мест, занимаемых боярами в Думе, то о нем прежде всего можно получить сведения из сношений литовских панов разных с боярами: но этими сведениями нужно пользоваться, однако, с большою осторожностию, ибо паны при отправлении своих послов и грамот сообразовались иногда не с порядком мест, но с особенным значением, особенною приближенностию бояр к государю. В 1552 году литовские паны присылали посла к князю Ивану Михайловичу Шуйскому и боярину и дворецкому Даниле Романовичу Юрьеву, в 1555 - к князю Ивану Михайловичу Шуйскому. В переписке о мире гетмана Ходкевича с московским воеводою в Ливонии, Иваном Петровичем Федоровичем (Челядниным), наивысшею радою московскою называются: боярин и воевода наивысший, наместник владимирский, князь Иван Дмитриевич Бельский; боярин и наместник Великого Новгорода, князь Иван Федорович Мстиславский; боярин и наместник казанский, князь Василий Михайлович Глинский; боярин и наместник тверской, Данило Романович Юрьевича-Захарьина.