Собор, исследовавши дело, нашел, что Матвей Башкин и его единомышленники виновны в следующем: 1) не признают Иисуса Христа равным богу отцу, а некоторые и других поучают на это нечестие; 2) тело и кровь Христову считают простым хлебам и вином; 3) святую, соборную апостольскую церковь отрицают, говоря, что собрание верных только церковь, а эти созданные ничто; 4) изображение Христа, богоматери и всех святых называют идолами; 5) покаяние ни во что полагают, говоря: как перестанет грешить, так и нет ему греха, хотя и у священника не покается; 6) отеческие предания и жития святых баснословием называют; на семь вселенских соборов гордость возлагают, говоря: все это они для себя писали, чтоб им всем владеть, и царским и святительским; одним словом, все священное писание баснословием называют, Апостол же и Евангелие не правильно излагают. Башкин оговорил в единомыслии с собою Артемия, бывшего троицкого игумена; поставленный с Башкиным с очей на очи, Артемий не признал себя виновным ни в чем, что тот взводил на него. Но, кроме Башкина, Артемия обвинял также бывший ферапонтский игумен Нектарий; однажды Артемий сказал ему: «В книге Иосифа Вилоцкого написано не гораздо, что послал бог в Содом двух ангелов, то есть сына и св. духа»; по словам Нектария, Артемий еретиков новгородских не проклинал; латынь хвалил, поста не хранил, во всю четыредесятницу рыбу ел и на Воздвиженьев день у царя за столом рыбу же ел. Артемий признался, что когда случалось ему из пустыни приходить к христолюбцам, то он рыбу едал и у царя на Воздвиженьев день рыбу ел. Нектарий на очной ставке обвинял также Артемия, что тот из псковского Печерского монастыря ездил в Новый Городок немецкий (Нейгауз) и там веру немецкую восхвалил. На это Артемий отвечал, что точно ездил в Новый Городок и говорил с немецким князем: есть ли у них такой человек, с которым бы можно было ему поговорить книгами? И такого ему человека книжного не указали.