После этого Карача облег малочисленных козаков в городе и стоял с половины июня, желая выморить русских голодом; но в одну ночь, когда улусники спали, ничего не подозревая, атаман Мещеряк вышел из города и ударил на неприятельский стан: Карача, потерявши двоих сыновей, побежал из стана; на рассвете улусники собрались и дали битву козакам в надежде подавить их числом, но Мещеряк, засевши в стану Карачи, отбивался до полудня и заставил неприятеля отступить; Карача потерял надежду одолеть козаков и ушел за Ишим. Но торжество козаков не было продолжительно; бухарские купцы дали знать Ермаку, что Кучум не пропускает их в город Сибирь; Ермак с небольшим отрядом (50 человек) отправился по Иртышу к ним навстречу, не нашел их и с 5 на 6 августа расположился ночевать на берегу реки; козаки, утомленные путем, крепко заснули, а на другом берегу не спал Кучум. В глубокую ночь, под проливным дождем, он переправился через реку, напал на сонных козаков и истребил их; Ермак, как носился слух, желая достигнуть своего струга, утонул в Иртыше.
После голода и трех поражений козаков осталось так мало в Сибири, что атаман Мещеряк счел невозможным оставаться здесь долее и выступил по дороге на Русь. Сибирь снова была занята Кучумом, который, однако, скоро был выгнан из нее соперником своим Сейдяком. Но эти князьки недолго могли на свободе выгонять друг друга. Новое правительство московское высылало в Сибирь воеводу за воеводой. Осенью 1585 года пришел воевода Мансуров, который поставил городок на Оби, при устье Иртыша. Остяки пришли осаждать его и принесли с собою славного идола, к которому на поклонение ходили из дальних мест, но пушечное ядро, вылетевшее из русского городка, разбило его, и остяки, потерявши надежду на свое божество, не беспокоили больше русских; мало того, Лугуй, князь двух городов и четырех городков на Оби, приехал в Москву с челобитьем, чтоб русские ратные люди, которые сидят в городе на устье Иртыша, не воевали его племени и людей, а он будет давать дань в Вымской земле приказным людям.