Торговые пошлины собирались целовальниками и отдавались на откуп из наддачи; в грамотах, которые давались откупщикам, говорилось: «Отказать ему пошлину до сроку за два месяца, а не откажет до сроку за два месяца и станет отказывать на срок, то вперед брать откуп на откупщике и на его поручниках, а наддача вдвое». Срок откупа назначался год. По грамоте, данной двинским таможенным целовальником в 1588 году, ведено брать с судна, какое бы оно ни было, судовой подъемной грузовой пошлины с 1000 пуд по два рубля и по две гривны; со ста пуд - по семи алтын и по две деньги; с того же судна посаженного брать по десяти алтын и головщины по деньге с головы; с людей брать побережное по 22 алтына с ладьи. Кто приедет в санях или верхом, или пешком придет, с того брать явку. Тут же упоминается пошлина свальная: с 1000 пуд - по полтине, с воза - по две деньги и проч.; подъемная пошлина - с подъему по две деньги, «а поднимать в весу товар под оба конца», кто же станет продавать в развес меньше пуда, с тех подъема не брать; рукознобная пошлина: с пудом ходить и товар всякий весчий у гостей весить, пошлину рукознобную брать с купца и продавца с подъема по деньге, да с припуску по деньге. Целовальники доносили, что у них многие люди пошлин не платят: так, не платят их английские гости, не платят суда Троицкого, Кириллова и других монастырей; суда Федора Кобелева большой иногородней пошлины не платят, а платят только туземную, двинскую, на том основании, что у Кобелева есть на Двине промыслы и угодья; на том же основании не платят пошлин суда Данилы Строганова и Данилы Бренкова. Царь отвечал, чтоб пошлину брали с русских людей со всех без исключения, с двинян - двинскую, а с иногородцев - иногородную, также и с иноземцев, кроме англичан, которые имеют жалованную грамоту. В 1592 году торговые пошлины в селах Чаранде и Коротком были пожалованы боярину Дмитрию Ивановичу Годунову.
В 1588 году староста и рыболовы переяславской рыболовской слободы били челом, что берут с них во дворец оброки и пошлины за посошной корм, с рыбных ловель, за закорных щук, с рек, пошлины дворецкого и дьячьи, ключничьи, ямские деньги, сенные деньги, присудные деньги, всего до 50 рублей, и от того у них рыболовская слободка пустеет.