Тогда царь опять созвал бояр и говорил им: «Патриарх Иеремия вселенский на владимирском и всея Руси патриаршестве быть не хочет, а если мы позволим ему быть в своем государстве на Москве на патриаршестве, где теперь отец наш и богомолец Иов митрополит, то он согласен. Но это дело не статочное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев и достохвального жития мужа, святого и преподобного отца нашего и богомольца Иова митрополита от пречистой богородицы и от великих чудотворцев изгнать, а сделать греческого закона патриарха, а он здешнего обычая и русского языка не знает, и ни о каких делах духовных нам с ним говорить без толмача нельзя». Годунов вместе с Щелкаловым отправился опять к Иеремии и говорил ему, чтоб благословил и поставил в патриархи из российского собора митрополита Иова. При этом свидании было решено, что Иеремия на патриаршество владимирское, московское и всея Руси благословит и поставит кого государю будет угодно и благословение дает, что вперед патриархам поставляться в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов.
Нам не нужно предполагать, что в первом разговоре с Годуновым сам Иеремия изъявил желание остаться патриаршествовать в Москве: мысль о выгодных следствиях перемещения старшего патриаршего стола из Византии в Московское государство легко могла прийти Годунову и другим. Пусть в Константинополе, по приказу султана, выбрали бы другого патриарха: Иеремия и его русские преемники не потеряли бы чрез это права называться вселенскими, права на первенство; утверждение Иеремии в Московском государстве особенно было б важно относительно западной русской церкви, которая уже давно признавала свою зависимость от него. С другой стороны, нам не нужно предполагать, что дело не уладилось единственно по настоянию Годунова, которому невыгодно было удалить Иова, совершенно ему преданного: при отчужденности от иностранцев и сильно развившейся вследствие того подозрительности, ясные следы которой видны повсюду, иметь патриархом иностранца, грека, должно было казаться крайне неудобным: указывать на единоверие, как могущее уничтожить всякое подозрение, нельзя, ибо мы видели, как обходились с этим самым Иеремиею: не велено было пускать к нему ни одного иностранца; наши предки в описываемое время жили тою жизнью, когда свой обычай составляет все; отсюда понятно, как страшно было иметь патриархом человека, не знающего русского обычая, человека греческого закона.