Только чрез два года, в июне 1591 года, приехал в Москву митрополит терновский и привез утвержденную грамоту на московское патриаршество. Иеремия писал к Иову: «Послали мы твоему святительству соборную совершенную грамоту: будешь иметь пятое место, под иерусалимским патриархом. И ты прими грамоту с благодарностию и тихомирием, и постарайся о митрополите терновском при царе и при царице словом и делом, попечалуйся святому и высочайшему царю нашему, да сотворит пригожую помощь, как обещал ты нас пожаловать при постановлении своем, в своей палате; а мы кроме бога да святого царя надежды ни от кого не имеем, патриаршества цареградского не может никто воздвигнуть и устроить по-прежнему кроме святого царя». В письме Годунову патриарх просил о присылке 6000 золотых на сооружение патриаршества. Митрополит терновский поднес Годунову дары: два атласа золотных, саблю булатную, да два сосуда ценинных; Годунов даров не принял, сказав: «Нам у вас даров брать не подобает, мы должны вас наделять, чем бог послал». Митрополит просил, чтоб Годунов не обижал его, взял дары, и тот взял два сосуда ценинных. Правитель хотел знать, как был держан собор об учреждении московского патриаршества, с ведома ли султана и пашей? Митрополит отвечал, что собор был держан, доложа султану. Просьба патриарха была исполнена: царь послал на построение церкви и патриаршеского дома большое количество мехов и рыбьего зуба. Когда Салтыков и Татищев отправились послами в Литву, то им дан был наказ: «Станут спрашивать про патриаршеское постановленье, то вы говорите: приходил к великому государю из Греческого государства антиохийский патриарх Иоаким и говорил государеву шурину, Борису Федоровичу Годунову, что из давних лет на семи соборах уложено быть в Риме папе греческой веры, а в Греческом государстве четырем патриархам; но когда Евгений папа римский составил суемысленный осьмой собор, то с этого времени папы римские от греческой веры отстали; если бы по сие время в Греческом государстве были благочестивые цари христианские, то патриархи поставили бы папу в Греческом государстве, и теперь они все четыре патриарха советовали, со всем вселенским собором Греческих государств, дабы вместо папы римского поставить вселенского патриарха константинопольского, а на его место поставить четвертого патриарха в Московском государстве. Если паны радные будут говорить, что изначала этого не бывало, то отвечать: вот у вас в Вильне прежде кардиналов не бывало, а были бискупы, а теперь папа сделал Юрия Радзивилла кардиналом: и тому что дивиться».