В Новгороде королевич ездил тешиться рекою Волховом вверх и иными речками до Юрьева монастыря, а едучи, тешился, стрелял из самопалов, бил утят; натешившись приехал в город поздно и стал очень весел. За столом у королевича играли по музыке, в цымбалы и по литаврам били, играли в сурны. Салтыков писал царю: «Датские послы говорят королевичу, чтоб он русские обычаи перенимал не вдруг. Послы и ближние люди королевича на то наговаривали, чтоб он вашего царского жалованья, платьица что-нибудь к брату своему послал, и королевич говорил, что ваше царское жалованье, платьице к нему первое, что он принял его с покорностью, с радостным сердцем, и послать ему вашего царского жалованья первого не годится».
Иоанн был принят в Москве с большим торжеством, очень ласково от будущего тестя и сына его; царицы и царевны, разумеется, он не видал. Царь поехал в половине октября к Троице и на возвратном пути узнал о болезни Иоанна: у принца сделалась горячка, от которой он 28 октября умер на двадцатом году жизни. Борис сильно горевал, Ксения была в отчаянии, а в народе шел слух, что принцу приключилась смерть с умыслу царского, что Борис, видя, как все полюбили Иоанна, боялся, чтоб после не возвели его на престол мимо сына его Федора. В 1604 году начались было переговоры о браке Ксении с одним из герцогов шлезвигских, но прерваны были несчастиями Борисова семейства. Годунов искал жениха для дочери и невесты для сына между владельцами грузинскими; о том же предмете велись переговоры с Австриею и Англиею.
Сношения с Австрийским домом продолжали носить прежний характер. В июне 1599 году Борис отправил к императору Рудольфу посланника, думного дьяка Афанасия Власьева, который ехал морем из Архангельска, норвежским и датским берегом, а потом Эльбою. На дороге гамбургское правительство встретило Власьева с честию, и он прославлял пред ним могущество и добродетели своего царя, рассказывал, как Борис при восшествии на престол велел дать служивым людям на один год вдруг три жалованья: одно - для памяти покойного царя Феодора, другое - для своего царского поставленья и многолетнего здоровья, третье - годовое.