Ногаи разделялись на три орды, из которых одна только признавала власть московского царя. Борис, желая подчинить себе все три орды и опасаясь связи одной из них с Турциею и Крымом, приказывал подчиненному себе хану теснить ногаев турецких и в то же время, чтоб вернее достигнуть цели, приказывал астраханским наместникам ссорить ханов, следствием чего была кровопролитная война и запустение неприязненного улуса; но в подчиненном себе улусе Борис строго запрещал междоусобия.
В Сибири Кучум был жив и не переставал отводить сибирские волости от московского государя. В августе 1598 года за ним погнался воевода Воейков, сбирая на дороге языки о кочевьях слепого сибирского царя; кинув обоз, Воейков шел день и ночь, нашел Кучума на лугу на Оби, бился с ним от восхода солнечного до полудня и наконец одолел; семейство Кучума попалось в плен к русским, старик сам-третей ушел в лодке вниз по Оби. С какими же средствами велись эти сибирские войны, вследствие которых вся северная Азия подчинялась Москве, подчинялась христианству и гражданственности европейской? Воевода Воейков пишет, что у него в походе против Кучума было рати: три сына боярских да голова татарский, три атамана да четыреста без трех человек литвы, козаков, юртовских и волостных татар. С такою разноплеменною ратью воевода бился полдня и поразил Кучума, но при этом надобно сказать также, что у сибирского царя было только 500 человек войска.
Пока упрямый Кучум был жив и не отказывался от вражды к Москве, до тех пор нельзя было ждать покоя в Сибири, и вот завели с ним опять сношения. Воейков послал сказать ему, чтоб он ехал к государю, государь его пожалует, жен и детей велит отдать; Кучум отвечал: «Не поехал я к государю, по государевой грамоте, своею волею в ту пору, когда я был совсем цел; а теперь за саблею мне к государю ехать не по что, теперь я стал глух и слеп, и нет у меня ничего. Взяли у меня промышленника, сына моего Асманака царевича; хотя бы у меня всех детей побрали, а один остался Асманак, то я бы с ним еще прожил; а теперь сам иду в Ногаи, а сына посылаю в Бухары».