Как скоро Лжедимитрий объявился в Польше, то слухи об нем начали с разных сторон приходить в Москву и ужаснули Бориса, так склонного к испугу; слухи приходили из Ливонии, из Польши, от донских козаков, которые подняли теперь головы, ограбили одного из царских родственников и послали сказать Годунову, что скоро явятся в Москве с законным царем. Борис начал проведывать, кто был этот новый враг, и к удивлению своему узнал, что то был известный уже ему прежде Григорий Отрепьев, сосланный в Кириллов монастырь; он велел призвать к себе дьяка Смирного и спросил, где монах Отрепьев? Смирной стоял пред ним, как мертвый, и ничего не мог отвечать. Борис велел считать Смирного, и начли на него множество дворцовой казны: дьяка вывели на правеж и засекли до смерти.
Борис объявил прямо боярам, что подстановка самозванца их дело, велел привезти в Москву, в Новодевичий монастырь, мать царевича Марфу и ездил к ней вместе с патриархом. По другим известиям, царицу Марфу привезли ночью во дворец, где Борис допрашивал ее вместе с женою. Когда Марфа сказала, что не знает, жив ли ее сын или нет, то царица Марья выругала ее и бросилась на нее со свечою, чтоб выжечь глаза, Борис защитил Марфу от ярости жены. Разговор кончился очень неприятными для него словами Марфы, что люди, которых уже нет на свете, говорили ей о спасении ее сына, об отвозе его за границу. Между тем, по приказу и образцу, присланному из Москвы, пограничные воеводы разослали к пограничным державцам польским грамоты с известиями об Отрепьеве, но грамоты эти давали самозванцу и бывшим при нем русским людям возможность уличать показания московского правительства во лживости и противоречии друг другу. Так, в 1604 году прислана была грамота старосте остерскому от черниговского воеводы князя Кашина-Оболенского, где говорилось, что царевич Димитрий сам зарезался в Угличе тому лет 16, ибо случилось это в 1588 году, и погребли его в Угличе же, в соборной церкви Богородицы; а теперь монах из Чудова монастыря, вышедший в Польшу в 1593 году, называется царевичем.