Надобно было решить дело оружием: молодой воевода, князь Михайла Васильевич Скопин-Шуйский, свел полки у Данилова монастыря и 1 декабря, дождавшись прихода смольнян, пошел к Коломенскому; Болотников вышел к нему навстречу и сразился у деревни Котлов: холопи и козаки бились отчаянно, но Истома Пашков с дворянами и детьми боярскими передался на сторону царя; причиною отступления Пашкова полагают то, что Болотников не хотел уступить ему первенства, а Пашков не хотел быть ниже холопа. Болотников, потерпев поражение, засел в своем укрепленном Коломенском стане; три дня воеводы били из пушек по острогу и не могли разбить, наконец сделали ядра огненные и зажгли острог. Тогда Болотников побежал к Серпухову, собрал мир и спросил, есть ли у них столько съестных припасов, чтоб могли целый год прокормить и себя и войско? Если есть, то он останется у них и будет дожидаться царя Димитрия; если же нет, то уйдет. Серпуховичи отвечали, то им нечем будет целый год и себя прокормить, не только что войско. Тогда Болотников пошел дальше и засел в Калуге, жители которой объявили, что могут содержать его войско в продолжение года; некоторые из его козаков засели в деревне Заборье, но принуждены были сдаться царским воеводам: Шуйский велел их взять в Москву, поставить по дворам, кормить и ничем не трогать, но тех, которые были пойманы на бою, велел посажать в воду; если в это число были включены те, которых взяли при Котлах, то их было немало, ибо летописец говорит, что им не находили места в тюрьмах московских.
Шуйский не терял времени для наступательного движения: пять воевод двинулись на юг для осады городов, верных самозванцу; брат царский, князь Иван Иванович Шуйский, осадил Калугу, несколько раз приступал к ней, но ничего не сделал; царь послал к Калуге последнее войско под начальством первого боярина, князя Мстиславского, Скопина-Шуйского и князя Татева, но Болотников отбил приступы и этих воевод. Также неудачны были приступы к Веневу и Туле; но боярин Иван Никитич Романов и князь Мезецкий разбили князя Василия Рубца-Мосальского, приближавшегося к Калуге на помощь Болотникову; сам воевода, князь Мосальский, был убит, и ратные люди его сели на пороховые бочки и взорвали сами себя на воздух.