Зюздинские крестьяне жаловались на кайгородцев, вятчане - на пермичей: «Отпустили они, по царскому указу, с Вятки в Пермь, к Соли Камской, в ямские охотники 46 человек, а пермский воевода князь Вяземский, стакнувшись с пермичами, вятских охотников бил, мучил без вины для того, чтоб они с яму разбрелись, а гоньбу бы гоняли пермичи, получая с Вятки прогонные деньги, приклепывая прогоны и корыстуясь этими деньгами сами, как прежде бывало; вятских торговых людей пермский воевода мучил на правеже насмерть». Царь писал Вяземскому, что если вятчане в другой раз на него пожалуются, то он велит на нем доправить их убытки вдвое без суда; однако в том же году царь велел пермичам гонять ямскую гоньбу одним по-прежнему. Не на одних воевод приходили жалобы; холоп боярина Шереметева подал челобитную, в которой писал: «Был всполох в Нижнем Новгороде от воровских людей, стали в вестовой колокол бить, побежали посадские люди в город c рухлядью, побежал и крестьянин государя моего, боярина Шереметева, с двумя новыми зипунами, но как бежал он в Ивановские ворота, стрельцы сотни Колзакова прибили его и зипуны отняли. Я на другой день бил челом воеводам о сыску, сотник Колзаков зипуны сыскал, но пропил их в кабаке с теми же стрельцами, а у крестьянина стал просить на выкуп десяти алтын. Я пошел к вечерне в Спасский собор и стал опять бить челом воеводам, а сотник Колзаков стал бить челом на меня, будто я его бранил. Тут дьяк Василий Семенов стал Колзакову говорить: «Не умел ты этого холопа надвое перерезать, у тебя свои холопи лучше его», да стал в соборе же бранить... государя моего Федора Ивановича Шереметева; я вступился за государя своего, но он стал меня бранить и хотел зарезать, а сотнику Колзакову кричал: где ни встретишь с своими стрельцами этого холопа или других холопей Федора Шереметева или крестьян его, грабь донага и бей до смерти; вины не бойся, я за вас отвечаю».
И Шуйский заботился о населении Сибири разными средствами: отправлено было в Пелым из московских тюрем восемь человек в пашенные крестьяне, но они оттуда бежали, подговоривши с собою в проводники двоих старых крестьян; вследствие этого царь писал в Пермь: «Вперед в Перми на посаде и во всем уезде велеть заказ учинить крепкий: кто поедет или пешком пойдет из сибирских городов без проезжих грамот и подорожных, таких хватать, расспрашивать и сажать в тюрьму до нашего указа».