15 июля (как рассказывал потом сам Делагарди) приехал в шведский стан дьяк Анфиноген Голенищев от Бутурлина, который велел сказать Делагарди, чтоб шел прочь от Новгорода, а не пойдет, так его проводят, Делагарди велел отвечать: «Бутурлин меня все обманывает, присылает с угрозами, хочет меня от Новгорода проводить, так пусть же знает, что я за такие речи буду у него в Новгороде». И действительно, ночью на 16 июля Шваль ввел шведов в Чудинцовские вороты так, что никто не видал; жители только тогда узнали, что неприятель в городе, когда шведы начали бить сторожей по стенам и по дворам. Первое сопротивление встретили шведы на площади, где расположился Бутурлин с своим отрядом, но это сопротивление было непродолжительно: Бутурлин вышел из города, и при отступлении козаки и стрельцы ограбили лавки и дворы под тем предлогом, что шведы отнимут же все. Было еще сильное, по бесполезное сопротивление в двух местах: стрелецкий голова Василий Гаютин, дьяк Анфиноген Голенищев, Василий Орлов да козачий атаман Тимофей Шаров с сорока козаками решились защищаться до последней крайности; много уговаривали их шведы к сдаче, они не сдались и умерли все вместе за православную веру. Софийский протопоп Аммос заперся на своем дворе с несколькими новгородцами, долго бился против шведов и много перебил их; Аммос был в это время под запрещением у митрополита Исидора; митрополит служил молебен на городской стене, видел подвиг Аммоса, заочно простил и благословил его. Шведы, озлобленные сопротивлением, зажгли наконец двор протопопа, и он погиб в пламени со всеми товарищами: ни один не отдался живой в руки шведам.
Это были последние защитники Великого Новгорода. Исидор и Одоевский, видя, что нет никого ратных людей в городе, послали договариваться с Делагарди. Первым условием была присяга новгородцев королевичу шведскому;
Делагарди с своей стороны обязался не разорять Новгорода и был впущен в кремль; подробности договора были следующие: 1) Между Новгородом и Швецией будет искренняя дружба и вечный мир на основании договоров Теузинского и заключенных при царе Василии; новгородцы обязываются прервать всякие сношения с Польшею, в покровители и защитники принять короля шведского, его преемников мужеского пола и королевство Шведское, без ведома которого не будут заключать ни с кем ни мира, ни союза.