Церковная дисциплина и обряд. Внутренняя жизнь церкви не регулировалась в то время твердо установленными правилами. Частные вопросы разрешались каждым епископом по своему усмотрению, что приводило к региональным различиям в церковных правилах. Так, например, сводом уставных положений об образе жизни клириков и внутренней организации церквей и кафедральных соборов для Леона и Кастилии был так называемый «готский канон», который предписывал духовным особам совместную жизнь и относительно нестрогое соблюдение евангельских заповедей. Между тем в Галисии соблюдались более суровые правила, которые требовали от белого духовенства соблюдения монастырского режима. Духовные лица, живущие совместно, назывались канониками (conbnigos) и должны были во всем подчиняться епископу. Но уже во времена Хельмиреса каноники Компостелы жили независимо, каждый в своем доме, и при этом многие вели неподобающий для клириков образ жизни.
Не меньшие различия имелись и в церковном обряде, то есть в молитвах, правилах церковной службы, церемониях и т. д. Служба в церквах Испании шла в соответствии с так называемым вестготским или мосарабским обрядом. Как римский, так и мосарабский обряды имели одинаковое каноническое значение, причем мосарабский был одобрен несколькими папами и соборами. Однако унификационным идеям Григория VII и клюнийцев было чуждо это разнообразие, и они постарались ввести в Кастилии римский обряд. Легат папы Гуго Простодушный в 1064 г. начал переговоры относительно отмены мосарабского обряда и информировал папу, что этот обряд еретичен. Сперва Гуго не имел успеха, так как кастильские епископы обратились к папе Александру II, и тот признал мосарабский обряд ортодоксальным. В связи с этим испанские епископы представили папе четыре книги, которые заключали в себе «в наиболее совершенной форме главные каноны древне-национальной литургии».
Гуго все же спустя несколько лет убедил папу Григория VII в необходимости отмены мосарабского обряда (1074 г.). Альфонс VI, к которому обратился папа, не стал противиться папской воле.