Однако испанское духовенство и народ недоброжелательно отнеслись к такой перемене. Решение было передано на судебный поединок, и победил защитник мосарабского обряда. В конце концов национальный обряд был отвергнут и был принят римский—это был новый акт унификации системы церковного управления, новый шаг на пути к подчинению всего духовенства Риму.

Церковная юрисдикция. Благодаря этим изменениям была установлена с некоторым единообразием церковная иерархия. Главой всего духовенства в каждом диоцезе был епископ, находившийся под наблюдением архиепископов или митрополитов и папских легатов и в конечном счете подчинявшийся папе, в курию которого должны были поступать дела для окончательного разрешения. Однако епископ осуществлял юрисдикцию только над белым духовенством. Монастыри, которые вначале были подвластны епископам, уже в X—XI вв. не повиновались распоряжениям епископов, подчиняясь лишь велениям своего аббата или приора (так назывались настоятели небольших монастырских общежитий—приоратов или обедиенций).
Военные ордена также были изъяты из юрисдикции епископов. Они признавали в качестве верховного главы лишь папу, а это неоднократно приводило к спорам о подсудности между магистрами орденов и прихожанами. Церковь карала еретиков конфискацией имущества, лишением должности, заключением в тюрьму и отлучением.

Церковные и монастырские имущества. Короли покровительствовали церквам и монастырям и жаловали им не только города, леса, луга и различное недвижимое имущество, которое завоевывалось у мавров (в этом случае пожалование давалось с целью заселения территории) или принадлежало ранее короне, но также долю доходов коронной казны (от податей, чеканки монеты и т. д.). Так, Альфонс VI передал толедскому собору ряд селений и третью часть королевской десятины, а в 1123 г.