Фердинанд, который без зазрения совести совершал беззакония, когда это ему было выгодно, осадил Малагу, несмотря на то, что город этот принадлежал Боабдилю, с которым заключен был мирный трактат, и овладел этим городом (август 1487 г.), объявив своими пленниками всех жителей Малаги, Так же поступил он в Ахаркии и Вёлесе, невзирая на то, что города эти изъявляли ему покорность и что они также были на стороне Боабдиля. 3 декабря 1489 г. после долгой осады сдалась на капитуляцию Баса. Затем покорился Эль Загаль, который передал кастильцам Гуадис/и все территории, которыми он владел, т. е. область между Альмуньскаром и Альмерией. Эль Загаль обязался оказать Фердинанду помощь в борьбе с Боабдилем, владения которого свелись лишь к городу Гранаде и его округе.
Фердинанд предложил Боабдилю капитулировать и передать кастильцам цитадель Альхамбру, обещая взамен (как о том свидетельствуют арабские авторы) огромные богатства и любой из андалусских городов по выбору Боабдиля. Но последний отказался принять это предложение и провозгласил священную войну против Кастилии, требуя выполнения условий договора, некогда заключенного им с Фердинандом и Изабеллой.
В мае 1490 г. кастильские войска, которым оказывало помощь множество ренегатов, осадили Гранаду. Но Фердинанд не предпринял решительных действий и даже отступил от города, оставив гарнизоны в окрестных замках.
Борьба продолжалась, и не без успеха для Боабдиля, который отбил у кастильцев несколько крепостей. Но спустя некоторое время кастильцы вернулись с новыми пополнениями. В помощи Эль Загаля Фердинанд уже не нуждался, и поэтому король предоставил ему возможность выехать с группой приближенных в Тлемсен. Кастильцы двинулись к Гранаде и в 1491 г. вступили в гранадскую долину, осадив город. Короля сопровождала Изабелла. Лагерь был разбит у селения Госко, но пожар уничтожил там все боевые шатры. Тогда король и королева приказали возвести вокруг сгоревшего лагеря стены и выкопать рвы (для стен были использованы материалы до основания разрушенного селения Госко). Этот военный городок получил название Санта-Фе («Святая вера»).