Протесты были столь энергичны, что, когда впервые в Барселону прибыли новые инквизиторы (1486 г.), их заставили покинуть город. При этом советники действовали в полном согласии со всеми сословиями Барселоны, а епископ, капитул и старый каталонский инквизитор Комес не признавали полномочий инквизиторов, назначенных королем и королевой. Вмешался папа, были даны новые полномочия, и, наконец, новая инквизиция утвердилась в Барселоне (1487 г.), Но советники отказались принести присягу, которой потребовал от них главный инквизитор. Эта оппозиция объяснялась не только экономическими, но и политическими мотивами, так как советники и Генеральная Депутация считали, что учреждение нового судилища противоречит фуэрос и привилегиям и что в своей деятельности оно часто будет приходить в столкновение с нормами обычного права и судебными привилегиями горожан «(сессия 20 июня 1487 г.). К этому еще присоединялось нежелание жителей ]Барселоны допустить в свой город должностных лиц иностранного происхождения (новые инквизиторы были кастильцами), составивших преувеяй1 ченные представления о своих прерогативах и считавших, что они стоят выше всех прочих, как церковных, так и гражданских, властей Барселоны. Так, инквизиторы приказали поставить свои кресла в главном алтаре собора, на том месте, где обычно восседали короли или вице-короли Советники заставили инквизиторов убраться из алтаря. В этой борьбе каталонские епископы не раз вступали в союз с Депутацией и советниками. Трибунал начал свою деятельность 14 декабря 1487 г. (хотя уже за шесть месяцев до этого начались аресты обращенных и других подозрительных лиц и конфискации имущества). 51 обращенных были оправданы и отпущены, но им было запрещено носить золотые и серебряные украшения и шелковые одежды, отправлять государственные должности и быть врачами, цирюльниками, аптекарями, откупщиками и т. д. С 1488 по 1492 г. были сожжены живьем 15 и «в изображении» 243 человека и приговорены к пожизненному заточению 71 человек. С 1489 по 1490 г. в Таррагоне были сожжены шесть человек (в том числе пять женщин) и 41 «примирены с церковью и приговорены к пожизненному заключению».