Они продолжали оставаться ими даже после смерти Филиппа и во время регентства Фердинанда, несмотря на его личное влияние на управление Кастилией и на идею политического единства, которой руководствовались в своих действиях арагонские короли, начиная с Фернандо I. В одном только отношении союз католических королей отразился на законодательстве—в отношении пограничных таможен. Позднее, после реформы инквизиции, генеральный инквизитор Кастилии распространил свои полномочия на всю Испанию, и трибуналы Арагона, Каталонии и Валенсии утратили былую независимость. Но на этом дело и ограничилось, и ничего больше для объединения страны короли не только не предпринимали, но и не собирались предпринимать. В своем завещании Фердинанд вполне определенно высказывается на этот счет. Он советует своему внуку Карлу «не вносить никаких изменений в управление королевствами Арагона, в состав королевского совета и должностных лиц, служащих нам... Более того, не должно и обсуждать дела этих королевств ни с кем, кроме их уроженцев, и не назначать иностранцев ни в совет, ни на государственные должности. Те же распоряжения он дает относительно Кастилии (в соответствии с пунктами завещания королевы Изабеллы), сохраняя таким образом политическое и национальное разделение между арагонским и кастильским королевствами.
Изречение, приписываемое королеве, что необходимо так же властвовать над арагонским народом, как она уже властвует над кастильским, если оно действительно было произнесено, несомненно, подразумевает не унификацию королевства или подчинение одного из них другому, а просто-напросто ту абсолютистскую и централизаторскую политику, которая была характерна для монархов и которой король Фердинанд придерживался даже в большей степени, чем Изабелла. Взаимовлияния, которые оказывали друг на друга оба государства и в конце XV в. и позже, отнюдь не вызывали стремления лишить независимости королевства, входившие в Испанский союз. Арагон втянул Кастилию в международную европейскую политику.