О подобных же злоупотреблениях свидетельствуют письмо капитана Гонсало де Айоры (июль 1507), касающееся действий инквизитора Люсеро, и петиция папе (1507 г.) от епископа Кордовы Хуана де Дасы и от городских властей, в которых речь идет о бесчинствах агентов инквизиции в связи с конфискациями. В первые годы конфискаций было огромное количество. В Кордове в 1501 г. за счет конфискаций было выплачено жалования судьям и ушло на покрытие издержек 33 тыс. мараведи. В 1503 г. эта сумма составила 500 тыс. мараведи. Один документ, относящийся к конфискации имущества архидьякона Кастро, сына обращенного, свидетельствует, что это имущество (кстати весьма значительное) разделили между собой кардинал Карвахаль, инквизитор Люсеро, королевский казначей Моралес и секретарь короля Фердинанда—Хуан Руис де Кальсена. Папы признавали права короля на конфискованное имущество. Папское бреве от 18 февраля 1495 г. устанавливает, что распоряжение имуществом осужденных всецело зависит от королевской воли.
Во владениях Арагона, и особенно в Валенсии, конфискации вызвали осложнения иного свойства. Законом короля Хайме было установлено, что имущество вассалов, приговоренных к смерти за ересь, измену и т. п., переходит к их сеньорам. Инквизиция нарушала этот закон, и в связи с этим духовенство и знать предъявили на кортесах в Ориуэле в 1488 г. и на кортесах 1510 г. петиции королю, жалуясь на действия инквизиторов. Несмотря на обещания, данные королем, меры для пресечения зла приняты не были.
Штрафы сначала взимались непосредственно инквизицией, затем королевской казной и, наконец, снова стали взиматься инквизицией, которая предназначала их на покрытие чрезвычайных расходов.
Потеря имущества при конфискациях не всегда была полной. Если вдова и дети осужденного были бедны, то им назначалось умеренное пособие, и нередко король разрешал им свободно распоряжаться унаследованным от отца имуществом.