Фердинанд и Изабелла пригласили из Италии, Фландрии и Германии инженеров и артиллеристов, которые под руководством Франсиско Рамиреса, или Рамиро, сеньора де Борноса, прозванного «Артиллеристом» (крупного знатока нового оружия и применения пороха в саперном деле), создали кастильскую артиллерию. Употреблявшиеся тогда орудия назывались ломбардами, пасоболан-тами, сербатанами, рибадокинами и т. д. Ядра были каменные. Тогда же было организовано санитарное обслуживание войска (на роту полагались лекарь, хирург, аптекарь и помощник, имелись также полевые госпитали) и появилась военная администрация, введению которой армия была в значительной мере обязана Айоре.
Соответственно изменилась и номенклатура командных должностей; старая система, основы которой зафиксированы в «Партидах», была вытеснена новой. Должность коннетабля стала лишь почетным званием, а его заместители или маршалы, которые еще фигурируют при завоевании Гранады, теперь исчезают окончательно. Королевский знаменосец (alferez) превращается в хранителя знамени (porteestandarte) короля. После реформ Айоры и Кордовы появляются полковники, капитаны (capitanes), командующие подразделениями в 500 человек; командиры рот (cabos de baialld) и десятские — командиры отделений [cabos de diez).
То же происходит и во флоте. Адмирал Кастилии, обладавший значительными правами юрисдикции, утратил свое былое влияние вследствие реформ, проведенных королем и королевой, и изменений в системе управления флота, вызванными открытием Америки. Действительное руководство флотом переходите 1479г. к главному капитану(capitan mayor). Кастильский флот сыграл немалую роль в войнах с Португалией, Гранадой и в африканских походах. Прославленными его командирами были Хуан де Вилья-марин, Шарль или Карлос де Валера и др. Хуану Безумную в ее свадебном путешествии во Фландрию сопровождало 130 кораблей с двадцатитысячной командой. Король Фердинанд уделял особое внимание морской службе и определил функции военных и торговых кораблей при ведении боевых операций. Торговые суда должны были участвовать в войне в качестве транспортов и каперов.