Согласно официальному отчету 1655 г., казначейство израсходовало с начала 1649 г. до конца 1654 г. на флот Испании и Генуи 7 734 654 дуката серебром, или лее 11 601 981 дукат медью. Позже была организована постоянная островная эскадра на Филиппинах, в которую в 1637 г. входили 24 судна, из них 6 галер; содержание их и жалование личного состава достигали 283 184 песо в год. В 1643 г. за счет колоний была создана специальная армада для защиты Индий, так называемая армада Барловенто, вначале состоявшая из 14 судов; в дальнейшем эту армаду стали употреблять для других целей. Каталонская депутация содержала некоторое время небольшую эскадру, которая в начале XVII в. была расформирована. Следует также отметить принадлежавшие частным лицам эскадры, которые входили в государственный флот: эскадру герцога Лермы в составе 4 галер, за снаряжение которой он получил в 1615 г. пожизненную пенсию, и эскадру герцога Осуны, которая не только хорошо сражалась в Средиземном море, но и выгодно отличалась от королевских войск своей организованностью и хорошей работой интендантства.
Эта эскадра была в некоторой мере пиратской, несмотря на то, что пиратство было в те времена в Испании запрещено; испанские правители были долгое время против него, хотя видели, что вражеские державы открыто к нему прибегают, и знали, какую помощь может оказать оно в войне, особенно учитывая постоянные финансовые затруднения. В 1525 г. Карл I разрешил пиратство для борьбы против мавров и французов, нападавших на Андалусию и Кастилию, причем пиратам жаловалась 7з военной добычи. Это разрешение было подтверждено Филиппом III на вальядолидских кортесах 1598 г.; Филипп IV возобновил его в расширенном виде в уставе 1621 г., так как конфискация судов стала почти невозможна вследствие разорения судовладельцев, тем не менее издание этого устава совпало с арестом и процессом герцога Осуны, который, кроме всего прочего, обвинялся в пиратстве. В Индиях пиратство долгое время было запрещено из опасения, что пиратские суда будут нарушать монополию торговли; но в конце концов оно было разрешено, и пираты сыграли большую роль в борьбе против флибустьеров, вторгшихся в Тихий океан.