Святилище Хатхор
Слева от портика с рельефами, посвященными экспедиции в Пунт, находится святилище богини Хатхор (№ 9) с вестибюлем, гипостильным залом и алтарем, вырубленным в скале.
Колонны, которые можно увидеть здесь, называются «хаторическими», их капители сделаны в виде головы богини Хатхор с коровьими ушами.
Гипостильный зал украшен сценами праздника в честь Хатхор: по Нилу плывут корабли, а воины, стоя на берегу, машут ветвями. Здесь также изображены две ритуальные сцены – «бег с птицей» и «бег со свитком», которые фараон исполнял во время восшествия на трон.
Есть и изображение, символизирующее священную связь царицы и богини: сидящая под балдахином Хатшепсут протягивает руку корове, которая лижет ей пальцы. «Она смотрит ей в глаза, – говорится в тексте, – целует ее руку, лижет божественное тело, наполняя фараона жизнью и могуществом».
В алтаре изображена ритуальная игра в мяч богини Хатхор. Среди различных сцен поклонения и приношений Хатшепсут изображена стоящей на коленях и пьющей молоко небесной коровы.
Святилище Хатхор имеет две особенности. Первая – над нишей, где изображена сцена кормления грудью, две царские особы совершают приношение молока и вина. Их лица удивительно похожи: это Тутмос III и Хатшепсут в совершенном согласии друг с другом. Вторая особенность – архитектор Сененмут повелел изобразить себя смиренно стоящим сбоку от ниши. Создателю храма разрешили принять молчаливое участие в ритуалах, которые совершаются в этом священном месте.

Святилище Анубиса
К северу от портика рождения находилось святилище Анубиса (№ 7). Анубис, покровитель бальзамирования и некрополей, изображался в облике шакала (возможно, собаки), лежащего на горе, или в облике человека с головой шакала. Небольшое святилище состоит из портика, гипостильного зала и часовни.