Затем он закрывает храмы, прогоняет жрецов, покидает Фивы и основывает новую столицу Ахет-Атон ("Горизонт Атона", сегодняшняя Тель-эль-Амарна). И, наконец, он меняет свое имя: Аменофису, что означает "Амон доволен", он предпочитает Эхнатон, то есть "тот, кто нравится Атону".
После его смерти культ перестает существовать. Корона перешла к совсем юному Тутанхатону, который не без влияния красавицы Нефертити ("Красавица, идущая сюда") — сестры-супруги Эхнатона, возвратился в Фивы, возродил культ Амона и принял имя Тутанхамон. Этот царь, скончавшийся в 18 лет при загадочных обстоятельствах, вошел в историю благодаря сенсационному открытию его гробницы в 1922 году Говардом Картером. Тем временем в Египте снова начинается анархия и власть переходит в руки военных: Хоремхеб, Рамсес I (профессиональный воин), Сети I, который возобновляет политику завоеваний на Востоке, и наконец Рамсес II, называемый Рамсесом Великим, который приложил все силы, чтобы победить армию хеттов. Он остановил их продвижение в Кадете в ходе эпического сражения, в котором не ясно было, кто победил, так как не осталось в живых ни победителей, ни побежденных. В продолжение 67 лет своего царствования фараон занимается сооружением колоссальных монументов — свидетелей его могущества: в Абу Симбеле, Карнаке, Луксоре. После его смерти престол наследует его сын Минептах, при котором начинается упадок Египетской империи. Видимо в этот период происходила библейская история о Моисее и евреях, находившихся в египетском плену и освобожденных им.
Третий переходный период начинается с приходом в 1085 году до н.э. XXI династии, которая учреждает столицу в Танисе. Затем власть переходит в руки ливийских династий, а еще позже, эфиопских. При этом столица переносится в Непату, в Судане. После этого наступает эпоха Саитской династии и возвышения персов. В 524 году до н.э. во времена XXVII династии персы Кира Великого впервые побеждают египтян. В 332 году до н.э. египтяне призывают на помощь Александра Великого, который будет встречен как освободитель и провозглашен луксорским оракулом "Сыном Ра".