По ту сторону от двора Среднего Царства , ныне пребывающего в запустении, высится храм Тутмоса III . Святилище, расположенное поперёк главной оси комплекса, находится в центре гипостильного зала. Первоначальный вход в этот храм обозначен двумя статуями, стоящими немного южнее.
Слева вы увидите камеру, где хранится копия знаменитого Царского списка Карнака , на котором изображён фараон, приносящий жертву перед 62 статуями своих поимённо названных предков (оригинал находится в парижском Лувре). Необычную планировку этого храма определяет трёхнефный зал с колоннами: 32 столба обрамляют слегка приподнятый средний неф, который опирается на 20 колонн в виде расписных шестов для царского шатра. Получается своего рода парадный каменный шатёр, который можно увидеть только в этом храме.
Восточнее зала с колоннами находится так называемый Ботанический сад . Особенностью этого зала являются искусно выполненные рельефы (сохранившиеся, правда, только в нижнем ряду). Здесь Тутмос III велел детально, почти как для учебника, запечатлеть представителей флоры и фауны, увиденных им в Передней Азии во время военных походов.
Священное озеро (200х117 м) служило источником воды для ритуалов очищения, проводимых жрецами, использовалось как арена для праздничных процессий с ладьёй и – специфика Карнака – как пруд для священных гусей Амона.
Отдельный проход ведёт во двор перед седьмым пилоном Тутмоса III . Здесь начинается ось, вдоль которой строго с севера на юг, вплоть до десятого пилона, чередуются дворы и ворота. Во дворе перед седьмым пилоном в начале XX века была обнаружена сенсационная находка: из тайника извлекли около 800 больших каменных фигур и более 17000 бронзовых статуэток. Это оказалось древнее хранилище, созданное во время «генеральной уборки» при Птолемеях.