Новое Крыло (Braccio Nuovo) : главный экспонат здесь – Август из Примапорты, самый известный портрет императора, созданный примерно в 20 г. до н. э. Очень своебразен рельеф, украшающий его доспехи: здесь изображена сцена возврата военных знамен и орлов (воинских знаков легионов), захваченных парфянами в 53 г. до н. э.
Апартаменты Борджиа (Appartamento Borgia) : частные покои, которые папа Александр VI велел построить для себя и своей семьи, расписаны настенными и потолочными фресками кисти Пинтуриккио.
Станцы Рафаэля (Stanze di Raffello) : это четыре зала, в которых художник создал поистине великое творение. В 1508 году он, тогда еще 25-летний юноша по имени Рафаэль Санти (1483-1520), получил заказ на оформление личных покоев папы. Зал для подписания бумаг (Sala della Segnatura) со знаменитой фреской «Афинская школа» и Зал пожара в Борго (Sala dell' Incendio di Borgo) Рафаэль расписал собственноручно. Зал Гелиодора (Sala d'Eliodoro) и Зал Константина (Sala di Costantino) были оформлены уже после смерти Рафаэля его учениками Джулио Романо и Джанфранческо Пенни.
Капелла Николая (Cappella Niccolina) : часовня Николая V украшена двумя циклами фресок работы Фра Беато Анджелико, изображающих жития и мучения святых Стефана и Лаврентия.
Сикстинская капелла (Cappella Sistina) : эта всемирно известная часовня быта построена в 1477-1480 гг. при папе Сиксте IV на фундаменте бывшей придворной часовни и служила для церемоний с участием пап и для заседаний конклава (совета кардиналов). На ранних этапах постройки к оформлению были привлечены художники из Флоренции и Умбрии (в том числе Сандро Боттичелли и Лука Синьорелли), которые расписывали фрески, находящиеся ниже окон. На стене слева от алтаря изображен цикл жития Моисея.Напротив, на правой стене, находится цикл жития Христа.
Юлий II в 1508 году заказал Микеланджело Буонаротти (1475-1564) роспись потолочного свода. За четыре года этот непревзойденный скульптор, которому в первый раз предстояло доказать свою гениальность и в качестве художника, создал гигантский цикл фресок, равных которому в мире нет и поныне.