Самая знаменитая гробница в соборе – мавзолей Джана Джакомо Медичи по прозванию Медегино (Medeghino). В 1563 году его брат, Папа Римский Пий IV, заказал создание этой усыпальницы скульптору Леоне Леони. На ней Джан Джакомо Медичи (1495–1555) изображён между двумя аллегорическими женскими фигурами Войны и Мира и бронзовыми рельефами речных богов Адды и Тессина. Сам он одет как полководец и закутан в широкий плащ, чтобы скрыть изувеченную левую ногу.
В южном поперечном нефе стоит статуя святого Варфоломея (1562 г.) с содранной кожей, работа скульптора Марко д’Аграте. Это произведение по натуралистичности напоминает анатомическую модель.
От первого этапа строительства собора, когда ведущим архитектором был Джан Галеаццо Висконти, сохранились ещё и цокольные рельефы на портале южной ризницы (1393 г.) работы рейнского мастера Ганса фон Фернаха.
В крипте собора хранятся замечательные сокровища, а также гроб св. Карло Борромео (1538–1584) из горного хрусталя (в восьмиугольной часовне). Этот кардинал из дворянского рода Борромео вёл решительную борьбу с протестантизмом, а в 1565 году стал архиепископом Милана.
Главный алтарь на хорах собора (куда могут входить только священники) создал Пеллегрино Тибальди. Работу над этим творением из мрамора и бронзы он начал в 1581 году, но завершена она была только в 1927 году архитектором Дзакки из Чезены. Над алтарём находится дарохранительница – святилище, состоящее из восьми позолоченных бронзовых колонн и купола с фигурой торжествующего Христа. Это произведение выполнил Пеллицони по эскизу Тибальди. Позади главного алтаря в 1560 году появился балдахин в форме храма, который покоится на 12 колоннах, символизирующих 12 апостолов. Здесь на рельефе показаны сцены из жития Христа.
Деревянные хоры состоят из верхнего и нижнего рядов . Места в верхнем ряду предназначались для каноников. Картины Джузеппе Меда, Камило Прокаччини и Амброзиуса Фиджини изображают эпизоды из жития святого Амвросия.