По гражданским делам горожан судили не королевские, а городские судьи, согласно местным обычаям, а Неаполь, Салерно и Мессина сохранили даже в норманскую эпоху право суда по уголовным делам — независимо от королевских юстициариев или совместно с ними. В более широком объеме удержали былые вольности Гаэта и Амальфи.
Южная Италия издавна привлекала к себе внимание германских императоров, боровшихся за подчинение Северной и Средней Италии. Фридриху I Барбароссе удалось устроить брак своего сына Генриха (будущего императора Генриха VI) и дочери Рожера II Констанции — единственной наследницы бездетного сицилийского короля Вильгельма II. Однако после смерти Вильгельма II южноитальянские феодалы выступили против чужеземного короля, противопоставив ему знатного апулийца, графа Танкреда. Лишь после смерти Танкреда в 1194 г. Генриху VI Гогенштауфену удалось утвердиться в Сицилийском королевстве. Четыре года спустя он внезапно скончался, оставив наследником трехлетнего сына Фридриха. Опекуном Фридриха стал самый могущественный из пап средневековья — Иннокентий III (1198—1216). Благодаря его поддержке Фридрих (которого папа выдвинул в качестве противовеса германскому императору Оттону IV) был коронован в 1212 г. германским императором под именем Фридриха II.
Это обстоятельство сыграло в дальнейшем крайне отрицательную роль в истории Сицилийского государства. Основной целью Фридриха II в течение всей его жизни (он умер в 1250 г. ) была борьба за империю, обреченная в XIII в., в период усиления централизованных государств, на крушение. Она сводилась к борьбе за полное подчинение Северной и Средней Италии, лишь номинально входившей в состав Священной Римской империи,— чтобы, как заявлял Фридрих, «этот центр Италии, окруженный со всех сторон нашими силами, вернулся к повиновению нашему величеству и единству империи». Ярым врагом империи выступал папа, теократическая программа которого была не менее реакционной. Столкновения с отстаивавшими свою свободу североитальянскими коммунами и папством заполнили почти все царствование Фридриха и достигли крайнего ожесточения. В этой борьбе источником материальных ресурсов служило императору Сицилийское королевство.