Сразу же ему пришлось встать на путь компромисса: создав довольно стройную систему центрального управления, Джан-Галеаццо сохранил старые коммунальные органы, хотя и лишил их реальной власти. Здесь он, как и многие синьоры, придерживался принципа, сформулированного Макиавелли: «При переменах надо сохранять тень прежних установлений, чтобы народ не подозревал о перемене порядка» 18. Прежний Общий совет Милана (Совет 900, избираемый по 150 чел. от шести ворот) назначался государем, реально же управлял городом верховный совет, состоявший из 12 человек, назначаемых синьором. Этот орган просуществовал до конца XVIII в. Он ведал непосредственно главными отраслями гражданского управления, и от него зависел ряд вспомогательных учреждений. Некогда всесильный подеста стал лишь председателем судебного трибунала. Из независимого города-коммуны Милан превратился, таким образом, в столицу государства, администрация которого полностью подчинялась синьору.
Управление возглавлял генеральный викарий, при нем был создан Тайный совет из 12 человек. Он ведал основными политическими и военными вопросами, отношениями с иностранцами, а также являлся судебным трибуналом по особо важным делам. Совет справедливости (Consiglio di guistizia) занимался текущими гражданскими делами. В его состав входил специальный орган — казначейство (camera), которое делилось на два управления — по обычным и экстраординарным доходам. За финансами отдельных коммун следил общий референдарий, а в каждую коммуну назначались еще специальные референдарии. Кроме того, был создан ряд учреждений, ведающих отдельными отраслями управления, например Комитет переписки (Officie delle Bollete), занимавшийся организацией почты и осуществлявший контроль за корреспонденцией. Чиновники, служившие во всех этих управлениях, должны были регулярно отчитываться в своей деятельности.
В отношении подчиненных городов Джан-Галеаццо придерживался тех же принципов: формальное сохранение коммунальных органов и фактическое подчинение всех чиновников синьору.