Неаполитанское королевство, находившееся в полной изоляции (все его возможные союзники оказались связаны с Францией), фактически без войска (Фердинанд II сумел собрать лишь около 7 тыс. человек против 30 тыс. французов и испанцев), не могло оказать сколько-нибудь успешного сопротивления, хотя отдельные крепости оборонялись с необыкновенным упорством.
При приближении вражеских войск жители Неаполя и Капуи (горожане, нобили, духовенство) единодушно поклялись в верности своему королю. Но стойкость горожан не могла спасти общего положения— не было союзников, не было армии, бароны во главе с королевским сенешалом графом Мельфи перешли на сторону врага, а в Капуе нашелся предатель, открывший ворота. За год французы и испанцы завоевали Неаполитанское королевство — каждый свою часть. 1 марта 1502 г. в Таранто сдался последний арагонский отряд. Неаполитанское королевство перестало существовать. Это был момент наивысшего торжества Франции в Италии и в то же время начало прямого соперничества Франции и Испании — правда, пока только на юге полуострова.
Весной 1503 г. между французскими и испанскими войсками на-чинаются столкновения из-за спорных областей — Базиликаты и Капитанаты. Это взволновало итальянские государства, все с тревогой ждут, что испанцы, используя военное преимущество, двинутся на север и отнимут у Франции Ломбардию. Но тревога оказалась напрасной. Испания, вытеснив французов с юга, предпочитает закрепить свое положение и соглашается подписать трехлетнее перемирие с Францией (11 февраля 1504 г.).
Так заканчивается второй период Итальянских войн, когда итальянские государства играли если не решающую, то во всяком случае существенную роль в событиях. Основные итоги этого периода: разгром двух крупнейших государств Италии — герцогства Миланского на севере и Неаполитанского королевства на юге и активное вмешательство в борьбу Испании.