Раскол в республиканском лагере еще более усложнил и без того трудное политическое и экономическое положение республики. Жесткий контроль и самоуправство французов сковывали инициативу республиканских властей. В сентябре 1798 г. в своем воззвании консулат вынужден был признать, что «законы не выполняются, публичная администрация бездействует, а каждая коммуна выглядит как обособленная республика, чуждая интересам великой семьи».
Грабежи французов и все более ясно обнаруживавший себя захватнический характер итальянской политики французской Директории вызвали перелом в сознании радикально настроенных патриотов как в Риме, так и в других частях Италии. Убедившись в беспочвенности надежд на то, что правительство Франции окажет содействие в разрешении итальянского вопроса, многие патриоты переходят на антифранцузские позиции. Этот сдвиг в настроениях многих итальянских республиканцев левого толка был ускорен событиями, которые произошли в конце 1798—начале 1799 г. В декабре 1798 г. французы решились, наконец, покончить с монархией в Пьемонте. Однако после того, как король Карл Эммануил IV был вьгдворен из страны, французское военное командование не допустило провозглашения здесь республики, и в феврале 1799 г. Пьемонт был присоединен к Франции. К этому времени в Северной и Центральной Италии уже широко распространились оппозиционные настроения, что привело во второй половине 1798 г. к созданию тайного «Общества лучей» — разветвленной заговорщической организации, имевшей группы своих сторонников в Болонье, Модене, Венеции, Брешии, Милане, Турине и Генуе. Заговор не носил подчеркнуто антифранцузского характера— порвав с официальной Францией тех лет, выступив против контрреволюционной парижской Директории, итальянские республиканцы, участники заговора, постарались заручиться поддержкой французских революционеров и связались с этой целью с якобинцами и с оставшимися в живых сторонниками Ба-бефа 84. Решительное противодействие Директории установлению тесных связей между итальянскими республиками и тем более их слиянию приводило ко все более широкому распространению среди передовых патриотов убеждения, что только единая итальянская республика сможет отстоять свою независимость от захватнических устремлений как Франции, так и Австрии.