В различных районах страны вспыхивали спорадические восстания низов, вызванные ухудшением условий жизни, реквизициями, фискальным гнетом и рекрутскими наборами. На Юге стихийное крестьянское движение (получившее у современников название «бандитизма») вылилось в своеобразную партизанскую войну с участием десятков больших вооруженных отрядов. В 1807—1810 гг. это движение приобрело такой размах, что Мюрату пришлось мобилизовать для борьбы с ним всю неаполитанскую армию.
Итальянская буржуазия, значительно умножившая свои ряды и упрочившая экономические позиции, надеялась, что с падением политического господства аристократии и духовенства перед ней откроется возможность достаточно самостоятельной политической деятельности в рамках конституционной монархии наполеоновского типа; однако действительность принесла ей глубокое разочарование. Для Наполеона государственный аппарат как Итальянского, так и Неаполитанского королевств был орудием осуществления его имперской политики, а итальянские администраторы — лишь покорными исполнителями его воли. Законодательные учреждения Итальянского королевства влачили жалкое существование, а парламент в Неаполитанском королевстве, несмотря на обещания Жо-зефа и Мюрата, так и не был созван. В Пьемонте и других итальянских землях, присоединенных к Франции, негодование вызывала политика офранцуживания, в частности введение французского языка в государственных учреждениях.
В целом политика Наполеона, стремившегося укрепить и расширить слой имущих и собственников (с целью превращения их в опору своего режима) и одновременно пресекавшего любые их устремления к политической и государственной самостоятельности,— эта глубоко противоречивая политика потерпела явную неудачу.
В последнее пятилетие наполеоновского господства, в 1810— 1814 гг., недовольство наполеоновскими порядками стало всеобщим. Так как деспотический, полицейский режим, установленный Наполеоном в Италии, делал невозможным какую бы то ни было открытую оппозицию, повсеместное недовольство приняло вскоре форму подпольного антифранцузского движения.