Усиление эксплуатации низов расширяло пропасть между старшиной и народом, что еще в 1692 году послужило основной причиной восстания в южных полках под руководством канцеляриста П. Ивановича (Иваненко). Выступив под лозунгом бить «чортав-патв, душв, що 1м цар! маетност1 понадавали», он пытался с помощью татар создать между Днепром и Бугом самостоятельное государственное образование. Но все три его набега на Гет-манат окончились неудачами. Русско-украинская армия разбила его немногочисленные отряды, состоявшие из запорожской голытьбы и татар.
Отношения к гетману не могла принципиально изменить его активная благотворительная деятельность. И. Мазепа затрачивал огромные личные средства на строительство и реконструкцию храмов, монастырей, покупку книг для своей библиотеки, материальную помощь Киево-Могилянской коллегии. Только в Киеве за 16 лет благодаря его пожертвованиям было построено или капитально отремонтировано 12 церквей, в 1690—1696 годах был отреставрирован храм святой Софии, который с конца XVI столетия стоял без крыши, приходя в негодность. На неотложные нужды Киеве-Печерской Лавре И. Мазепа выделил 73 тысячи золотых, достроил второй этаж и портал Киево-Могилянской академии (в 1701 году она получила этот статус и нередко именовалась Могилянско-Мазепинской), для нее же на месте старой деревянной церкви времен П. Сагайдачного на гетманские средства возвели Богоявленский собор Братского монастыря.
18 августа 1700 года началась российско-шведская война. Украинское казачество несло серьезные потери в тяжелых сражениях с прекрасно обученными войсками Карла XII, страдало от сурового северного климата, болезней, плохого снабжения продовольствием. Поскольку казачьи части принадлежали к нерегулярным войскам, то потери личного состава (50—60 процентов и более) не волновали командование российских вооруженных сил, к тому же состоявшее в значительной степени из иностранцев. Только в июле 1709 года Петр I на год освободил полки Гетманата от военных походов.